Futbola Yeni Ortabayır takımında başlayan Emre Can dikkatleri çektiği 2007 yılında Galatasaray altyapısına transfer oldu. Kasım 2013'te Galatasaray ile profesyonel sözleşmeye imza atan Emre Can ardından Denizlispor, Alanyaspor ve Giresunspor takımlarında kiralık olarak forma giydi. Genç oyuncunun kariyerinde 41 PTT 1. Lig maç tecrübesinin yanısıra U19, U20 ve U21 milli takımlarıyla 8 milli maç tecrübesi de bulunuyor.