Futbol yaşantısına Trabzon takımlarından 24 Şubatspor’da başlayan Emre Aygün, 2003 yılında Trabzonspor’da profesyonel oldu. 2005 yılında önce Yozgatspor’da daha sonra da Akçaabat Sebatspor’da kiralık olarak geçirdi. Daha sonraki yıllarda sırasıyla Ankaragücü, Eskişehirspor, Gençlerbirliği, Buğsaşspor takımlarının formasını giydi. Oynadığı her takımda golleri ve asistleriyle adından söz ettiren başarılı oyuncu, son olarak PTT 1. Lig takımlarından Orduspor’a transfer oldu ve 1,5 sezon burada forma giydi. U15, U18, U19 Milli Takımlarımızda da forma giyen oyuncu, Türkiye liglerinde 174 maçta forma giydi ve 46 gol kaydetti. Attığı gollerin yanı sıra, asistleriyle de adından söz ettiren Emre Aygün, 2014-2015 sezonunun ikinci devresinden itibaren Göztepemiz için ter dökecek.